Pada tahun 1983 Dinas Perikanan Kabupaten Purwokerto masih dalam berbentuk resort yang di gabungkan dengan Rupat karena Kabupaten Purwokerto saat itu masih berada di bawah naungan Pemerintah Kabupaten Bengkalis dan Kabupaten Purwokerto masih di sebut kota administratif, setelah itu pada tahun 1999 Kabupaten Purwokerto menjadi kota madya berdasarkan UU No.16 Tahun 1999 tanggal 20 April 1999 (Lembaran Negara Tahun 1999 Nomor 50, tambahan Lembaran Negara Nomor 3829), Purwokerto berubah status menjadi Kotamadya sehingga menjadi Kotamadya Dati. II Purwokerto. Seiring perkembangan politik di Indonesia, berdasar UU No. 22 Tahun 1999 maka Kotamadya Purwokerto berubah menjadi Kabupaten Purwokerto.

Kepala Dinas Perikanan Kabupaten Purwokerto pertama adalah Ir. Ramli Muhammad Ali, dan berkantor Di Jalan Cendrawasih di Sekolah Perikanan yang sekarang menjadi SMK Perikanan Provinsi Riau. Kemudian pada tanggal 4 Oktober 1999 Dinas Perikanan berpindah ke Jalan Sukajadi karena sudah adanya Rencana Kegiatan dan Anggaran (RKA) sendiri, dimasa Pemerintahan Kabupaten Purwokerto dipimpin oleh Drs. H. Zainuddin Abdullah. Pada tahun 2002 Dinas Perikanan Kabupaten Purwokerto berpindah ke Purnama, Kabupaten Purwokerto Barat di Jalan Dermaga bekas Kantor Tranmigrasi Kota dengan kepala dinasnya bernama Ramli Amir, SH. (sumber : Syarifuddin dan Jafri,SST. PNS Dinas Perikanan Kabupaten Purwokerto)

Seiring berjalannya waktu dan berdasarkan Peraturan Daerah Kabupaten Purwokerto Nomor 14 Tahun 2005 Tentang Pembentukan Organisasi dan Tata Kerja Dinas Peternakan, Perikanan dan Kelautan Kabupaten Purwokerto, Peraturan Walikota Nomor 16 Tahun 2008 tanggal 11 September 2008 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Dinas Daerah, Dinas Perikanan Kabupaten Purwokerto bernama Dinas Peternakan, Perikanan dan Kelautan Kabupaten Purwokerto dan berganti menjadi Dinas Perikanan Kabupaten Purwokerto berdasarkan Peraturan Daerah Kabupaten Purwokerto Nomor 12 Tahun 2016 Tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah Kabupaten Purwokerto dan Susunan Perangkat Daerah Kabupaten Purwokerto dan Peraturan Walikota Nomor 64 Tahun 2016 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas dan Fungsi Serta Tata Kerja Dinas Perikanan Kabupaten Purwokerto.